São órgãos auxiliares da Fundação CETREDE:

Diretoria Científica: 

É competência do Diretor Científico:

I – Negociar, opinar, coordenar, dirigir, proceder e avaliar projetos e demandas em atendimento às solicitações da Presidência;
II – Orientar, cientificamente, projetos e programas de interesse da Fundação;
III – Colaborar para o bom funcionamento técnico e científico dos projetos e ações em execução pela Fundação.

Diretoria Administrativo-Financeira: Guilherme Antonio Alves Alencar.

É competência do Diretor Administrativo-Financeiro:

I –  Fazer o gerenciamento financeiro sob sua coordenação e prestar assessoria ao Presidente;
II – Abrir, movimentar e encerrar contas bancárias juntamente com o Presidente;
III – Organizar procedimentos e rotinas e fazer cumprir as determinações da Presidência.